Ozon jako nejsilnější dostupný oxidant působí na bakterie a viry velmi účinně. Bakterie jsou malé jednobuněčné mikroorganizmy, které mají jednoduchou strukturu. Ozon narušuje metabolismu buněk, přičemž dochází k prasknutí buněčné stěny a tím k ničení baktérií. Viry jsou nebuněčné parazitické organizmy. Samy nejsou aktivní, ale k rozmnožovaní potřebují hostitelskou buňku. Stavba viru je jednoduchá. Je tvořen nukleonovou kyselinou (DNA nebo RNA) a bílkovinným obalem. Vlivem ozonu dochází k narušení bílkovinného obalu a tím ke zničení viru.

Dávkování ozonu na bakterie a viry

Mikroorganismus	Dávkovaní ozonu
Aspergillus	1,5–2 mg/l
Bacillus cereus	0,2 mg/l po dobu 30 sekund
Bacillus subtilis	0,1 mg/l po dobu 33 minut
Cladosporium	0,1 mg/l po dobu 12,1 minuty
Clostridium botulinum	0,4–0,5 mg/l
Tyfus abdomanalis	1,5–2 mg/l
Enteric virus	4,1 mg/l po dobu 29 minut v surové odpadní vodě
Escherichia coli (v čisté vodě)	0,25 mg/l po dobu 1,6 minuty
Escherichia coli (v odpadní vodě)	2,2 mg/l po dobu 19 minut
Herpes virus	0,1–0,8 mg/l po dobu 30 sekund
Legionella pneumophila	0,32 mg/l po dobu 30 minut v destilované vodě
Mucor piriformis	3,8 mg/l po dobu 2 minuty
Mycobacterium forutum	0,25 mg/l po dobu 1,6 minuty ve vodě
Phytophthora parasitica	3,8 mg/l po dobu 2 minuty
Pseudomonas bakterie	0,1 mg/l
Salmonella typhimurium	0,25 mg/l po dobu 1,67 minuty ve vodě
Stafylokoky	1,5–2 mg/l
Streptococcus bakterie	0,2 mg/l po dobu 30 sekund